Gigantycznie zadanie powojennej odbudowy przypadło w udziale nowemu władcy Marchii, Fryderykowi Wilhelmowi Brandenburskiemu (1620-1688). Obok rezydencji i budynków publicznych godnych stolicy elektoratu (siedmiu Elektorów — trzech arcybiskupów, margrabia, książę, hrabia i król — miało prawo obierać Cesarza Rzymskiego) wzniesiono również masywne fortyfikacje. Osiągnięcia te przysporzyły Fryderykowi Wilhelmowi miano Wielkiego Elektora. Po pobiciu Szwedów w Bitwie pod Fehrbellin w 1675 roku Marchia Brandenburska zyskała status znaczącej siły, toteż rozrosła się także jej stolica. Uznając zalety posiadania kosmopolitycznej ludności Elektor zezwolił żydom i południowo-niemieckim katolikom na sprowadzenie się do miasta i zapewnił im pełne prawa obywatelskie.
Później przyszła fala emigracji, która wywarła jeszcze większy wpływ na Berlin-Colln. Tysiące prześladowanych we Francji protestanckich hugonotów szukało schronienia w Anglii i Niemczech. Przybycie 5000 imigrantów — głównie wykwalifikowanych rzemieślników lub handlarzy ożywiło Berlin-Colln, którego własna populacja liczyła jedynie 20.000 osób. Francuski stał się niemal obowiązkowym drugim językiem, niezbędnym dla wszystkich, którzy liczyli na karierę towarzyską lub zawodową. Kolejnym bodźcem do rozwoju miasta było ukończenie budowy Kanału Fryderyka Wilhelma, łączącego Sprewę i Odrę, co podniosło znaczenie miasta jako ośrodka handlu między wschodem a zachodem.
Dzieło ojca kontynuował Fryderyk III, który przyjął także koronę Prus (zyskując zarazem tytuł Fryderyka I), podczas gdy Berlin nadal się rozrastał. W okresie tym powstały dzielnice Friedrichstadt i Charlottenberg oraz Zeughaus (obecnie Museum fur Deutsche Geschichte w byłym Berlinie Wschodnim), a Andreas Schluter nadał nowe rysy pałacowi Elektora. W 1709 roku Berlin-Cólln wreszcie stał się jednym miastem o nazwie Berlin. Wszystko to jednak kosztowało i pod koniec panowania Fryderyka zarówno Berlin jak i Marchia Brandemburska znalazły się po uszy w długach; Fryderyk uciekał się nawet do pomocy alchemików w nadziei na zapełnienie skarbca.
BERLIN ZA KRÓLA-ŻOŁNIERZA
Kolejny rozdział w historii miasta należy do syna Fryderyka I, Fryderyka Wilhelma I (1688-1740), zwanego królem żołnierskim. Uznawany jest on powszechnie za ojca państwa pruskiego. Z finansowym chaosem poradził sobie nakładając na swych poddanych spartańskie warunki i zwalniając większość służby dworskiej. Dochody państwa zostały skierowane na rozbudowę sił zbrojnych i kultura musiała ustąpić miejsca paradom wojskowym (ostatecznie Fryderyk Wilhelm zakazał nawet przedstawień teatralnych). Podczas gdy musztrowano żołnierza, w ludność wtłaczano etykę pracy — Fryderyk miał zwyczaj chodzić po Berlinie i osobiście tłukł każdego złapanego na nieróbstwie.
Fryderyk zorganizował zaciąg do armii, ale musiał zrobić wyjątek dla Berlina, gdyż młodzież masowo uciekała z miasta. Mimo to Berlin stał się miastem garnizonowym nastawionym na utrzymywanie armii; park Lustgarten przy pałacu królewskim przekształcono w plac ćwiczeń, każdy obywatel miał również obowiązek kwaterowania wojska. Berlin zawdzięcza Fryderykowi wiele ze swego obecnego kształtu i charakteru — skwery w rodzaju Pariser Platz (obszar przed Bramą Brandemburską) były początkowo placami ćwiczeń, a Friedrichstrasse została wybudowana w celu połączenia centrum z placem parad Tempelhof. Niewielu Berlińczyków pogrążyło się w żałobie, gdy Fryderyk zmarł nadzorując uprzednio próby do swego własnego pogrzebu (podczas jednej z nich obił chłopca stajennego, który popełnił jakiś błąd).